美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒 实验室耗材6560200

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒 实验室耗材

简要描述:

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒用于从土壤中的所有生物包括 G+细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组 DNA。而且它还可以提取其他环境样品的 DNA,如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需 500mg的样品即可得到足够的 DNA。

英文名: FastDNA Spin Kit for Soil
保质期: 长期
规格: 50T
从土壤样品中提取基因组 DNA
FastDNA Spin Kit for Soil ( MP bio土壤基因组 DNA提取试剂盒)
FastDNA Spin Kit for Soil (土壤基因组 DNA提取试剂盒)用于从土壤中的所有生物包括 G+细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组 DNA。而且它还可以提取其他环境样品的 DNA,如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需 500mg的样品即可得到足够的 DNA。实验原理为用特殊的裂解介质 E处理样品,之后使用自旋过滤器基于硅吸附 DNA原理的 GENECLEAN步骤进行纯化,得到的 DNA可用于 PCR、限制性酶切、电泳及其他下游实验。
产品应用: 从土壤或其它环境样品的生物体中分离 DNA,所获得的 DNA可用于 PCR、电泳、酶切和其它实验。
保存条件: 试剂盒置于室温( 15-30℃)条件下保存。
实例: 下图的基因组 DNA使用 FastDNA Spin Kit for Soil提取获得。
土壤样品来自: 番茄盆栽;淤泥;砂土;松树下;棕榈树下;绿色花园;马蹄莲盆栽;草坪;柑橘树和鳄梨树等 
产品特性与优点
配合 FastPrep仪器裂解样品处理更快、重复性更好、产量更高;
适用于从不同类型土壤的微生物和动植物组织中分离基因组 DNA;
对不同来源的样品,都可以在 60min内裂解分离 DNA,配合 FastPrep仪器只需 30min;
不含有毒有害的试剂成分。 

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒

订货信息:

货号           品名                                 规格

6560200 FastDNA SPIN kit for Soil 50prep

同仁化学DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02| 日本DOJINDO

上海金畔社生物科技有限公司日本同仁化学dojindo全线产品代理 中国代理商

DNA损伤定量试剂盒——DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02
DNA损伤定量试剂盒
DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting
商品信息
储存条件:0-5度保存
运输条件:室温

特点:

•可以检测基因组DNA样品的碱基位点数量

•采用方便的比色法检测

•检测范围:40个碱基位点/ 1×105 碱基对DNA

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DNA损伤检测方案

DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02

DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02

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试剂盒内含
产品概述
原理
技术信息
操作方法
常见问题Q&A
参考文献

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DNA损伤丨从实验思路到检测指标  PDF下

指标 关联指标干货参(点击查看) 检测指标(点击查看)
DNA损伤检测
γ-H2AX DNA损伤检测试剂盒- γH2AX(绿、红、深红)
AP位点 DNA损伤检测试剂盒(AP位点法)
核小体 Nucleolus Bright (绿、红)
细胞周期 Cell Cycle Assay Kit – PI/RNase Staining
DNA损伤关联指标 氧化损伤 DMPO
BMPO
TEMP
SOD Assay Kit
DPPH Antioxidant Assay Kit
凋亡 Annexin V, FITC Apoptosis Detection Kit/PI
Annexin V, 633 Apoptosis Detection Kit/PI
Cell Cycle Assay Solution Deep Red/Blue
JC-1 MitoMP Detection Kit
Caspase-3 Assay Kit
铁死亡 Lipid Peroxidation Probe -BDP 581/591 C11
Liperfluo
GSSG/GSH Quantification Kit II
Iron Assay Kit
Mito-FerroGreen
衰老 Cellular Senescence Detection Kit – SPiDER-βGal
Cellular Senescence Plate Assay Kit – SPiDER-βGal
SPiDER-βGal
自噬 Mitophagy Detection Kit
DALGreen – Autophagy Detection
DAPGreen – Autophagy Detection
DAPRed – Autophagy Detection

*点击即可跳转至详情页

试剂盒内含

DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02

产品概述

DNA的氧化损伤是由于DNA与活性氧 (ROS) 尤其是羟自由基之间的相互作用造成的。由超氧阴离子和过氧化氢通过Fenton反应产生的羟自由基在DNA中产生多重修饰。羟自由基对脱氧核糖基团的氧化攻击将导致DNA释放自由碱基,产生链断裂、各种糖修饰以及单个无碱基位点 (AP位点) 。事实上AP位点是由ROS产生的损伤的主要类型。醛反应性探针 (ARP;N’-氨氧基甲基羰基肼-D-生物素) 特异性地与AP位点的开环上的醛基反应。通过这个反应可以检测到导致醛基形成的DNA修饰。用过量ARP试剂反应后,DNA上的所有AP位点均用生物素做了标签。可以用亲和素-生物素法,用连接到亲和素上的过氧化物酶或碱性磷酸酶做比色法检测来对这些带有生物素标签的AP位点进行计数。DNA损伤定量试剂盒包含用于检测每1×105个碱基对中1-40个AP位点的所有必需溶液。

*本试剂盒仅适用于基因组DNA中无碱基位点 (Abasic Sites)的检测。

原理

DNA损伤在除了复制过程中的DNA聚合酶错误外,保留有机体遗传信息的DNA在体内还受到环境辐射,紫外线,化学物质(如烷基化剂)和代谢物(如活性氧)的破坏,接收。如果这些错误和伤害得不到适当的修复,它们将导致突变,从而导致癌症和衰老。

DNA损伤部位有修复结构,其中之一就是去除碱修复。此时,将出现一个称为AP位点的基础位点(apurinic/apyrimidinic位点)。换句话说,AP位点的检测是可以测量DNA损伤位点的有效方法。

ARP(N’-氨基氧基甲基羰基肼基-D-生物素)是已知可以与该AP位点进行生物素特异结合的试剂。-Nucleostain-DNA Damage Quantification Kit-AP Site Counting-是一种可以通过使用ARP将DNA生物素化并固定在96孔微板上,可以简单地定量样品DNA中的AP 位点的试剂盒。

该试剂盒包含具有与AP位点的标准DNA,并且可以使用HRP标记的链霉亲和素通过生物素检测方法对AP位点进行定量。

使用方法请看实验例。

*冷藏保存中或恢复到室温时,有时会在管状管中看到水滴状的液粒。

这是由干燥防止剂液粒化而成的,产品的性能没有问题。

*本套装中含有加入了溶液的试剂组件。

溶液可能会粘附在试管或瓶盖的内壁上,因此在打开前应先摇匀

DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02

技术信息

除试剂盒以外必要的物品

・10μl,200μl,1 ml微量移液器(可变型)

・200μl多通道移液器(可变型)

・培养箱(37℃)

・酶标仪

・0.5 ml,1.5 ml离心管

・离心机

・DNA纯化试剂盒

・纸巾

本公司出售各种DNA纯化试剂盒。

Get pureDNA Kit-Cell, Tissue(Code:GK03)

关于DNA提纯的问题,请咨询同仁化学。

操作方法

DNA损伤定量试剂盒 DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting货号:DK02

常见问题Q&A

Q1: 是否可以创建40个以上AP位点/ 100,000个标准溶液?
A1:该试剂盒的标准DNA是0-40个AP位点/ 100,000ARP-DNA。但我们已经准备了多达50个AP站点/ 100,000个的ARP-DNA(暂时没有做到更多)。从理论上讲,可以制备更多的ARP-DNA,但这么做的话我们无法保证和保持校准线的线性程度。

如果要检测更高浓度的碱基损伤,但样品DNA没有相同浓度的损伤,您可以用0AP 位点-DNA(测定范围内稀释)后再进行测定,之后再换算实际AP数比较好。

Q2: AP位点是DNA的一个基本损伤位点,被用作氧化应激的指标,除了AP位点之外,还有其他氧化应激指标吗?
A2:我们创建了一个文档,概述了氧化应激的各种标记物。

从实验者的角度,描述了每种氧化应激标记的特性和检测样品的处理方法,因此请参考以下文档(日文)。

https://www.dojindo.co.jp/technical/beginner/stressmarker.pdf

Q3:建议在DNA的纯度为吸光度为1.8以上进行检测。是否能够测量至1.5?
A3:因为吸光度在1.5内没有做过类似实验,所以暂时无法确认。

我们用吸光度为1.6~1.7的DNA进行检测,但不能看到很大的变化。

所以推荐1.8或更高。

纯度低的话可能意味着蛋白质污染。低纯度蛋白质具有阻断作用,可能使DNA粘附在板上。

请使用尽可能高的纯度,因为它可能会阻止这种情况

Q4:是否可以存储提取的DNA而无需将其转换为ARP?
A4:存储是不可取的,因为这会增加AP位点的数量。 (冷藏和冷冻)

如果要在不进行ARP化的情况下进行存储,请使用乙醇沉淀,制粒并冷冻保存。AP站点确实是容易发生剪切的部位。

但是,如果以catallist free的状态保存的话,即使在3’侧有断开也不会影响ARP的检测。

相反,如果提取的DNA储存在非冷冻状态的环境中,

由自然产生的去除碱形成的AP位点是一个更重要的问题。

所以在这种情况下,如果你的样品在正确存储标准DNA是可以进行修饰的。

ARP修饰后AP位点稳定,建议提取后迅速进行APR处理。

Q5:这个试剂盒可以检测什么?
A5:您可以定量DNA中的AP位点。AP位点是[apurinic / appyrimidinic site]的缩写,作用于受损的DNA。一般在去除碱修复过程中会出现。DNA的损伤除了复制时DNA polymerase的错误之外,还受到紫外线,化学物质(如烷基化剂)和代谢物(如活性氧)的影响。

通过测定AP位点可以检测DNA损伤。

Q6:这个试剂盒能测定的样品数量是多少?
A6:20samples为20个样品。

每个Filtration Tube都有20个samples。

因为一个样品一般使用一个Filtration Tube,所以这个Tube的数量即是可测定的样品数。

20samples的测定用的板也是1块板。

Q7:96孔板和过滤管中有溶液剩余,请告诉我废弃的方法
A7:多余的溶液请在确认以下成分信息后,按照政策规定的废弃规则废弃。

<配套试剂成分>

・ARP-DNA standard solution(稀释水后废弃,不含有害成分)

・ARP solution(稀释后作废,不含有害成分)

・DNA binding solution(稀释水后废弃,不含有害成分)

・Washing buffer(稀释水后废弃,不含有害成分)

・HRP-Striptavidin(稀释水后废弃,不含有害成分)

・TE buffer(可溶于水,EDA・2NA 0.1%以下)

・Substrate solution(稀释水后废弃,不含有害成分)

参考文献

1) A. Sancar and G. B. Sancar, “DNA Repair Enzymes”, Annu. Rev. Biochem., 1988, 57, 29.

2) T. Lindahl and B. Nyberg, “Rate of Depurination of Native Deoxyribonucleic Acid”, Biochemistry, 1972, 11, 3610.

3) M. Liuzzi and M. Talpaert-Borle, “A New Approach to the Study of the Base-excision Repair Pathway Using Methoxyamine”, J. Biol. Chem., 1985, 260, 5252.

4) M. Weinfeld, M. Liuzzi and M. C. Paterson, “Response of Phage T4 Polynucleotide Kinase Toward Dinucleotides Containing Apurinic Sites: Design of a 32P-postlabeling Assay for Apurinic Sites in DNA”, Biochemistry, 1990, 29, 1737.

5) B. X. Chen, K. Kubo, H. Ide, B. F. Erlanger, S. S. Wallace and Y. W. Kow, “Properties of a Monoclonal Antibody for the Detection of Abasic Sites, a Common DNA Lesion”, Mutat. Res., 1992, 273, 253.

6) J. A. Gralnick and D. M. Downs, “The YggX Protein of Salmonella enterica Is Involoved in Fe(II) Trafficking and Minimizes the DNA Damage Cause by Hydroxyl Radicals:Residue CYS-7 is Essential for YggX Function”, J. Biol. Chem., 2003, 278, 20708.

7) J. W. Pippin, R. Durvasula, A. Petermann, K. Hiromura, W. G. Couser and S. J. Shankland, “DNA Damage is a Novel Response to Sublytic Complement C5b-9 Induced Injury in Podocytes”, J. Clin. Invest., 2003, 111, 877.

8) S. Watanabe, T. Ichimura, N. Fujita, S. Tsuruzono, I. Ohki, M. Shirakawa, M. Kawasuji and M. Nakao, “Methylated DNA-binding Domain 1 and Methylpurine DNA Glycosylase Link Transcriptional Repression and DNA Repair in Chromatin”, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 12859.

9) M. Endres, M. Ahmadi, I. Kruman, D. Biniszkiewicz, A. Meisel and K. Gertz, “Folate Deficiency Increases Postischemic Brain Injury”, Stroke, 2005, 36, 321.

10) J.-M. Li, M. Mogi, K. Tsukuda, H. Tomochika, J. Iwanami, L.-J. Min, C. Nahmias, M. Iwai and M. Horiuchi, “Angiotensin II-Induced Neural Differentiation via Angiotensin II Type 2 (AT2) Receptor-MMS2 Cascade Involving Interaction between AT2 Receptor-Interacting Protein and Src Homology 2 Domain-Containing Protein-Tyrosine Phosphatase 1”, Mol. Endocrinolo., 2007, 21(2):499.

11) D. R. McNeill and D. M. Wilson III, “A Dominant-Negative Form of the Major Human Abasic Endonuclease Enhances Cellular Sensitivity to Laboratory and Clinical DNA-Damaging Agents”, Mol. Cancer Res., 2007, 5(1), 61.

同仁化学DNA损伤定量试剂盒——DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting DK02| 日本DOJINDO

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DNA损伤定量试剂盒——DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting DK02

氧化应激与自由基

氧是合成激素和ATP等生物活性物质的一种重要的分子。获得利用氧的能力是生命进化的重要的驱动力。氧可以激活细胞中的各种酶,被激活的氧种类涉及细胞功能的运作。尽管氧本身是生命的一个基本元素,但在氧化应激中,诸如DNA和蛋白质等细胞中的分子有时会被活性氧 (Reactive oxygen species, ROS) 破坏。
抗氧化能力
活性氧
谷胱甘肽
DNA损伤
脂质过氧化物
铁离子
谷氨酰胺、谷氨酸
自由基
NO研究

品名货号用途

DNA损伤定量试剂盒——DNA Damage Quantification Kit -AP Site Counting DK02 DNA损伤定量检测
DPPP试剂 D350 氧化应激检测

细胞中的氧化应激是由代谢、电离辐射和与DNA直接相互作用的致癌化合物产生的ROS导致的。在代谢的过程中,小部分的氧由于一个电子的还原变成超氧阴离子,接着超氧阴离子被超氧化物岐化酶 (SOD) 转变成氧气和过氧化氢。过氧化氢由过氧化氢酶或谷胱甘肽过氧化物酶还原成水。然而如果过氧化氢并没有被这些酶完全还原,当它被铁(Fenton反应)氧化将产生反应性极强的羟自由基。羟自由基还可以由紫外线照射产生或直接电离辐射水产生。羟自由基可以与脂反应产生脂质过氧化物。然而并非所有ROS都是有害的。次氯酸盐离子是一种由中性粒细胞的髓过氧化物酶产生的过氧化氢衍生而来的ROS,它具有杀菌活性。NO也称为内皮来源的舒张因子,它是由NO合成酶产生的。不过NO和超氧阴离子反应可产生具有细胞毒性的过氧亚硝基阴离子。ROS和活性氮化合物在生物系统中具有许多不同的活性。相应地好氧生物会产生防止氧化应激的防御机制。最近在对防御机制以及氧化损伤与疾病或老化过程之间关系的研究中,氧化应激已成为许多研究的焦点。最终已发展出许多用于检测ROS相关或ROS来源的物质的方法,这些物质包括超氧阴离子、超氧化物岐化酶、谷胱甘肽、谷胱甘肽还原酶、谷胱甘肽过氧化物酶、DNA损伤、8-氧基鸟嘌呤、8-硝基鸟嘌呤和蛋白质羰基等。