SYBR Green II RNA Gel Stain (10,000× in DJPO) 核酸凝胶染料

货号： MF0752-100UL 品牌： Jinpan 标签： 分子生物学

描述

SYBR Green II RNA Gel Stain (10,000× in DJPO) RNA凝胶染料

产品标签

SYBR Green II；GoldView；Acridine Orange 吖啶橙；GelRed； GelGreen；溴化乙锭（EB）；SYBR Green I；

产品信息

产品描述

SYBR Green II是目前已知电泳凝胶中RNA检测最灵敏的染料之一，在琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶中最低检到100pg RNA或ssDNA的单一条带（使用254nm紫外反射光源照射，并用宝丽来667黑白胶片和SYBR滤光片拍照）。即使用300nm透射光也能检测到500pg RNA的单一条带。SYBR Green II的灵敏度明显强于溴化乙啶（EB）。标准琼脂糖迷你胶EB最低检出1.5ng单链核酸的单一条带（使用300nm透射光照射并用橙-红明胶滤光片拍照）。

SYBR Green II在变性琼脂糖/甲醛凝胶和聚丙烯酰胺/尿素凝胶中的检测灵敏度有点降低，然而仍优于EB。为了获得最大的检测灵敏度，琼脂糖/甲醛凝胶必须在EB染色前清洗数小时。相反，不做任何的清洗或脱色步骤，用SYBR Green II染色的琼脂糖/甲醛凝胶或聚丙烯酰胺/尿素凝胶能检测到1ng RNA单一条带（254nm反射照明）和4ng RNA单一条带（300nm透射照明）。SYBR Green II在RNA检测具备这一卓越灵敏度的特性归因于几个因素，包括优越的荧光量子产量、结合能力和荧光增强。

本品为溶于DJPO 的10,000×的SYBR Green II RNA核酸染料，可用于：1）Northern Blot、起始位点作图或cDNA制备前对RNA产物的小量分析；2）高分辨率变性梯度凝胶电泳（DGGE）后对5S rRNA迁移方式的观察；3）单链构象多态性（SSCP）中的DNA染色；4）PCR扩增前对DNA染色。

保存与运输方法

保存：-20°C避光干燥保存，1年有效。

运输：冰袋运输。

注意事项

1）   必须警告用户注意，目前尚无关于SYBR Green II 对人体的致突变性或毒性的数据。由于该染料与核酸结合，应当被看作潜在诱变剂，使用时要小心谨慎。在处理DJPO储存液时应特别小心，因DJPO能促进有机分子进入组织。强烈建议处理DMO储存液需戴双层手套。和所有的核酸染料一样，含SYBR Green II RNA核酸染料的溶液需先穿过活性炭再丢弃。活性炭之后必须焚烧来破坏染料。

2）   SYBR Green II可通过乙醇沉淀法从核酸中去除。异丙醇沉淀法去除效果稍差些。正丁醇萃取、氯仿萃取和酚萃取法无法有效去除该染料。

3）   先用EB染色的凝胶可接下来用SYBR Green II染色，根据电泳后染色（post-staining）的标准步骤操作。与直接用SYBR Green II染色相比较可能灵敏度有些降低。

4）   不要在玻璃器皿中稀释SYBR Green II储存液，因其会结合到玻璃上。在聚丙烯器皿中稀释储存液。

5）   SYBR Green II不会干扰酶反应。

6）   当用SYBR Green II染Northern或Southern Blot凝胶，建议在预杂交液和杂交液内加入0.1%-0.3% SDS。

7）   不建议用254nm紫外透射仪对凝胶拍照，因紫外光源的轮廓会出现在照片上。需要使用允许525nm光透过且排斥其他波长光的滤光片。

8）   为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。

光谱特征

SYBR Green II RNA核酸染料可用常见的紫外反射和透射激发光源，以及手持式紫外灯检测。SYBR Green II的最大激发波长为497nm，但还有一个二级激发峰集中在254nm附近。与RNA结合的SYBR Green II的荧光发射集中在520nm。这些光谱特性让SYBR Green II适用于多种凝胶检测仪，从紫外反射（上紫外）和透射仪（下紫外）到氩离子激光器和水银灯激发的凝胶扫描仪。

使用方法

一、使用前准备工作

使用前将本品取出并回温至室温，使DJPO彻底解冻、溶液均一。于离心机上短暂离心确保所有溶液到管底。第一次使用时可将本品分装成多个小份后冻存，小份染料能更快溶解。

二、染色方法

1．电泳后染色（后染，推荐）

1）在非变性凝胶或变性聚丙烯酰胺/尿素或琼脂/甲醛凝胶上进行电泳。

【注】：其他凝胶基质未做测试，不确定染色效果如何。

2）稀释SYBR Green II储存液：对于非变性凝胶和变性聚丙烯酰胺/尿素凝胶，建议用TBE做1:10,000倍

稀释；对于变性琼脂糖/甲醛凝胶，建议用TBE做1:5,000倍稀释。

【注】：SYBR Green II染色对pH敏感，为获得最佳的灵敏度，应确认在染色温度下染色液的pH值在7.5-

8.0之间（pH8.0更佳）。

3）将凝胶小心的放入合适的容器中，比如聚丙烯容器。缓慢加入足量的SYBR Green II染色工作液浸没凝胶。用铝箔等盖住容器或将容器置于黑暗处使得染料避光。染色前没有必要洗掉凝胶上的尿素或甲醛。

4）室温轻摇凝胶。聚丙烯酰胺凝胶的最佳染色时间通常为10-40min，琼脂糖凝胶的通常为20-40min。凝胶厚度及琼脂糖或聚丙烯酰胺的比例不同，染色时间将有所不同。不需要脱色。染色液需保存在暗处（最好是冷藏）和重复使用3-4次。

【注】：用缓冲液制备的染色液置于4℃避光能放置1周或更久，置于室温避光能放3-4天。用水制备的染色液比缓冲液制备的稳定性差很多，建议24h内用完保证最大灵敏度。另外，用缓冲液（pH＞8.0或pH＜7.5）的缓冲液制备的染色液稳定性差很多，染色效率也会降低。

2．电泳前染色（预染）

1）配制成SYBR Green II预制凝胶

临灌胶前，按照每100ml凝胶中加入3-5µl SYBR Green II储存液（10,000× in DJPO）的比例加量。需注意到SYBR Green II热稳定性较差，不能在过热胶溶液中直接添加，需要等溶液冷却至50℃左右才能加染料。摇晃，震荡或翻转以保证染料充分混匀。

2）按照常规方法进行电泳。

三、观察和凝胶成像

3.1 使用300nm紫外透射光或254nm紫外反射光（灵敏度更高）照射染色凝胶。

3.2 为了最佳灵敏度，建议使用黑白胶片，可用专用的SYBR Green照相滤光片（Thermo fisher, #S7569）拍照。许多其他的黄色或绿色明胶或玻璃纸滤光片也能用来拍照，但绝大多数可能会减低灵敏度。EB染色凝胶拍照用的橙-红滤光片不适合于SYBR Green II染色凝胶。

3.3 用专用的SYBR Green照相滤光片（Thermo fisher, #S-7569）和Polaroid 667黑白胶片对凝胶进行拍照。染色凝胶基本无背景荧光，当检测少量RNA，允许长期胶片曝光。对于300nm透射，通常F-stop设置4.5时曝光1-2s足够。对于254nm反射（特别是手持灯），大约需要曝光1-1.5min以得到最大灵敏度。

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