engrailed/invected gene products
原装正品1ml上清液
货号： 4D9 anti-engrailed/invected 品牌： DSHB 标签： 单克隆抗体
规格信息
| 品牌： |
DSHB |
|---|---|
| CAS： |
N/A |
| 规格： |
1ml |
| 货期： |
21-30个工作日 |
日度归档：2023年11月16日
KAPA 人类基因组DNA 定量 & QC 试剂盒
KAPA人类基因组DNA定量及QC试剂盒
KAPA hgDNA定量&QC试剂盒，包含人类基因组DNA样品NGS文库构建前，所有基于qPCR定量及质量评估的试剂。
KAPA hgDNA定量&QC试剂盒，是基于SYBR Green I染料法优化的高质量qPCR检测试剂盒，包含KAPA SYBR® FAST qPCR Master Mix预先稀释的一系列DNA标准品，以及针对于人类基因组单拷贝的高度保守区域的不同位点所设计的引物预混液。最小片段所对应的引物，用于获得绝对定量的结果，而额外的引物，用于获得在DNA样本中可扩增模板量(质量高的DNA片段)的信息。这个试剂盒由此所产生的质量分数(即Q-ratios)，可以用于预测文库的产量，或者对于如FFPE DNA这类样本质量变化很大的样本的工作流程进行调整。
产品特色
- 在单次检测中，同时评估样本量以及样本质量
- 可以将质量分数(Q-ratios)与测序相关指标相关联
- 高性能的KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix
- 预先稀释好的DNA标准品以及可以直接使用的引物
- 多功能、易于自动化的工作流程
一次检测，即可获得浓度和样本质量信息
- 对于稀释后的DNA样本进行绝对定量
- 用附加的引物进行定量分析，获得的Q-ratio用于指示样本的质量
人类基因组DNA定量及QC检测原理
一组DNA标准品，使用三对不同引物，用于产生(最多)三组标准曲线。这三对引物的扩增目标，位于某高度保守、单拷贝的人类基因组位点，其大小分别为41 bp, 129 bp以及305 bp。41 bp检测用于DNA样品的绝对定量。对于评估DNA质量，使用129 bp和/或305 bp引物预混液生成标准曲线并且检测样本。由于低质量的DNA样本的长片段扩增效率会大幅度降低，相对的DNA质量可以通过41 bp检测的浓度，对于129 bp或者305 bp检测的浓度进行均一化，或者在此DNA样本中可被扩增的物质的量来进行推测。这种通过标准化产生的质量分数(值介于0和1之间)，可以用于指示DNA的质量，或者在此DNA样本中可被扩增的物质的量。
建立样本质量控制中最低条件
- 指示样品是否有足够的量以及质量来成功构建文库
- 未通过质控的样本，不再进行后续文库构建以及测序步骤，从而节约时间和精力
通过检测进行测序的样本 (Sequenced Sample) 和Q值不够、未进行测序的样本(QNS，Not Sufficient) 各自的Q-ratios。
数据来源于Dartmouth-Hitchcock医疗中心(DHMC)的转化医学实验室。在DNA抽提后以及文库构建之前，使用KAPA hgDNA定量&QC 试剂盒，可以帮助使用者建立一个额外的质量控制流程，用于在早期的过程中预测测序的质量。DHMC在其扩增子测序工作流程中，根据经验，使用Q129/41 bp>0.5和Q305/41 bp > 0.2作为判断标准。
使用质量分数(Q-ratios), 分析NGS文库构建工作流程
- Q-ratios可以帮助判断NGS文库构建工作流程中的瓶颈
- 对于FFPE样本，文库质量和测序中质量的主要限制因素是：起始DNA转化成连接有接头的文库分子的转化率不高
文库的转化率，为在Illumina测序平台上进行靶向重测序而制备
分别从样本质量参差的80-100 ng FFPE DNA样本(橙色)和商用人类基因组DNA(灰色)，使用KAPA LTP文库构建试剂盒来构建测序文库。FFPE DNA样本在用Covaris打断之前，用KAPA hgDNA定量&QC试剂盒进行检测，然后按照Q-ratios(DNA质量)沿X轴升序排列。Q-ratios如图中标注。片段化的DNA(平均大小在180 bp左右)在建库之前，用Qubit® HS dsDNA (Life Technologies) 进行定量；在连接接头、形成文库分子之后，使用基于qPCR的KAPA文库定量试剂盒进行定量。结果显示，FFPE样本的文库转化率(Conversion Rate，起始DNA分子转化成连接有接头的文库分子的百分比，%)明显低于高质量的DNA样本，使得FFPE样本的文库分子多样性受到限制，并且需要在文库扩增步骤中采取更多的循环数才能得到足够多的文库分子进行靶标捕获，从而使FFPE样本的文库的重复率(duplication rate) 更高，靶标覆盖率(target coverage)更低。
从FFPE DNA样本中获得样本制备的可操作数据
- Q-ratios与测序中的关键指标，如重复率(duplication rates)和平均靶标覆盖度(mean target coverage)，具有相关性。
- 在采用KAPA HTP或LTP文库制备试剂盒的标准靶标捕获的工作流程中，质量分数(Q ratio) > 0.4 的FFPE样本产出的文库，质量符合测序要求。
Q129/41 比值和测序中的关键指标（如重复率）具有相关性
从250 ng Covaris打断的FFPE DNA样本(n=14)和对照组DNA(分别从培养细胞、新鲜冰冻样本和血液中提取，n=6)，进行手动文库构建。样本按照Q129/41-比例升序在x轴上从左至右排列(FFPE样本用黄色表示，对照组DNA用橙色表示)。文库构建采用的是NEBNext® 试剂(New England Biolabs)，其中靶标捕获前和靶标捕获后的扩增环节(10个循环)采取KAPA HiFi 试剂盒。靶标捕获使用的是定制的SeqCap EZ panel (300 genes,0.9 MB)。 在Illumina HiSeq平台上进行了测序(2 x 100 bp)。FFPE样本的平均靶标覆盖率(蓝色点)是对照组的四倍(1,247X, vs. 301X)，平均重复率(红色点)是对照组的两倍(75% vs. 38%)。Q129/41 比值 > 0.4 的FFPE样本所产出的文库能够达到最低测序质量要求。
MC-CN-00359 有效期至2021-12-31
仅供研究，不用于临床诊断。
相关应用
- FFPE samples
- Forensic samples
- Free-circulating DNA from plasma or serum
- Cells collected by flow cytometry
- Samples obtained by laser-capture microdissection of fresh, frozen or FFPE tissue
- Any other limiting or precious clinical sample
文件下载
产品手册
KAPA_hgDNA_Quantification_and_QC_Kit_TDS.pdf hgDNA_poster_AGBT2015.pdf
规格明细 / 储存条件
Kits can be stored for up to 12 months at -20˚C.
Complete (Master Mix) kits include KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix (2X), Primer Premix (41 bp, 129 bp and 305 bp, 10X) and a set of 5 DNA Standards. Primer Premixes and DNA Standards are also sold separately.
规格明细
| 规格 | 描述 |
|---|---|
| Compatible Platform | All NGS platforms |
| Compatible Samples | Human genomic DNA |
| Sample sources | FFPE tissue Cells collected by laser-capture microdissection Flow-sorted cells Free-circulating DNA from plasma or serum Forensic samples Clinical samples |
| Standard curve concentration range |
2.5 ng/µL–10 pg/µL or 3,080–12 copies |
| Sequencing Applications | Whole Genome Sequencing Whole Exome Sequencing Targeted Sequencing (custom panels) Amplicon Sequencing |
订货信息
KAPA hgDNA定量和质控试剂盒(通用型)
- KK货号：KK4960
- 产品货号：7960590001
- 规格：300反应
KAPA hgDNA定量和质控试剂盒(ABI)
- KK货号：KK4961
- 产品货号：7960603001
- 规格：300反应
KAPA hgDNA定量和质控试剂盒(BioRad)
- KK货号：KK4962
- 产品货号：7960611001
- 规格：300反应
KAPA hgDNA定量和质控试剂盒(LC480)
- KK货号：KK4963
- 产品货号：7960620001
- 规格：300反应
KAPA hgDNA定量和质控标准品
- KK货号：KK4964
- 产品货号：7960638001
- 规格：375反应
KAPA hgDNA定量和质控41bp引物
- KK货号：KK4965
- 产品货号：7960646001
- 规格：100反应
KAPA hgDNA定量和质控129bp引物
- KK货号：KK4966
- 产品货号：7960654001
- 规格：100反应
KAPA hgDNA定量和质控305bp引物
- KK货号：KK4967
- 产品货号：7960662001
- 规格：100反应
KAPA hgDNA定量和质控试剂盒(ROX Low)
- KK货号：KK4969
- 产品货号：7960689001
- 规格：300反应
KAPA RNA Hyper 文库构建试剂盒 + RiboErase rRNA去除试剂盒
KAPA RNA Hyper 文库构建试剂盒+RiboErase
KAPA RNA HyperPrep试剂盒利用全新的化学技术，实现了酶促反应的合并及纯化步骤的减少，使得整个文库制备流程更加精简高效。链特异性的实验流程非常灵活，无论是低起始量还是存在降解的样品都有对应的mRNA捕获及核糖体去除的解决方案可供选择。试剂盒包含RNA富集及文库构建在内的所有试剂，不包含接头组分(单独货号提供)。
产品特色
- 包括RNA富集及文库构建在内，可以一天轻松搞定
- 针对低起始量及降解样品建库有更高的成功率
- 不同类型样品不同起始量表现稳定可靠
- 提供验证好的自动化解决方案
- 配套KAPA Pure Beads(包括)和KAPA Adapter可提供
单管反应，单工作日文库制备流程
- 通过更少的酶促反应及纯化步骤实现更短的实验流程及更少的手动操作步骤
- 从起始RNA到可用于上机测序的链特异性文库只需4小时即可实现 核糖体去除(HRM)模块联合使用
- 实现整个工作流程(包括mRNA捕获或核糖体去除)，可以在一个工作日内完成
- 可在自动化平台上实现高通量并稳定可靠
灵活选择工作流程
- KAPA RNA HyperPrep 可以作为一个单独的工作流程使用，也可以跟mRNA捕获或者核糖体去除(HRM)模块联合使用
实现多种链特异性应用
- 相比较于其它的商品化产品流程，Kapa对起始样品量的要求更低
- 即使是降解的样品，比如FFPE样品，也可以获得高质量的文库
测序，只测重要的
- 更低的rRNA残留及PCR重复使得数据的利用率更高
- 相同的测序量可以获得更多的转录本和基因信息
更加高效利用测序能力
KAPA RNA HyperPrep工作流程可以实现更低的rRNA残留及PCR重复，使得可以更高效地利用测序数据(A和B)。在相同的测序数据量情况下, 相比较I厂家同类产品和N厂家同类产品，KAPA的工作流程可以获得更多的基因和转录本信息(C和D)。每一个产品都使用25 ng (rRNA depletion)和50 ng(mRNA capture)高质量的人通用参考RNA作为起始样并作四个重复，根据产品的标准建议进行建库操作。后续测序是在Illumina® HiSeq® 2500(高通量模式、V4版试剂、2 x 100 bp)上完成。去除掉比对到rRNA上的数据后，随机挑选14 M的数据进行包括冗余度在内的数据分析。
更高的覆盖范围均一性
- 各转录本之间的数据分布更加均一
- 提高不同GC含量区域的覆盖均一性
提高数据覆盖均一性
YBX1(A)和SLC2A4RG (B)高GC含量区域(红色标注)充分体现KAPA RNA HyperPrep相对于其它产品在GC含量高的区域有更好的覆盖度。挑选表达排名前1000的转录本进行统计，根据转录本长度进行覆盖程度的均一化处理，发现KAPA相比与其它产品而言在不同位置上的覆盖程度更加均一，CV(变异系数)值更小 (C和D)。所有文库构建均使用25 ng (rRNA depletion)和50 ng (mRNA capture)高质量人通用参考RNA作为起始样品，并严格遵照产品说明进行实验操作。
从降解样品中制备高质量文库
- 根据FFPE样品总RNA质量，KAPA RNA HyperPrep应用核糖体去除的方式可以实现低至25 ng的FFPE RNA的文库构建
- 针对降解样品可以得到更少的冗余序列和更高效稳健的rRNA去除效果
- 相同测序条件下可获得更多的转录本和基因信息
两份FFPE样品总RNA毛细管电泳结果
甲状腺FFPE样品(RIN: 2.2) 测得47%的RNA长度大于200 nt，质量相对较好。相比较而言，十二指肠FFPE样品(RIN: 2.5)测得29%的RNA长度大于200 nt，降解比较严重，质量较差。使用的试剂为：Agilent® RNA 6000 Pico试剂盒。
更高效地利用测序能力
通过以上两份FFPE样品的结果可以发现，KAPA RNA HyperPrep去除核糖体工作流程(HMR)相比较于其它产品冗余序列更少rRNA残留更低(A和B)。 相同的测序数据量，KAPA的工作流程分析相对于其它产品得到了更多的基因和转录本信息(C和D)。甲状腺FFPE样品使用25 ng起始量进行文库构建，鉴于十二指肠样品降解比较严重，取100 ng起始量进行文库构建。
从降解样品中获得可靠的结果
- FFPE样品和配对新鲜冰冻组织样品之间的线性相关性越高，越可以证明测序数据的准确性。
FFPE样品和配对的新鲜冰冻组织的表达谱数据存在非常高的一致性
相比较于I厂家和N厂家同类产品, KAPA RNA HyperPrep Kit with RiboErase(HMR) 表现出更高的皮尔森系数。文库构建使用100 ng配对的乳腺癌FFPE样品和新鲜冰冻组织总RNA，并按照产品标准建议进行操作。
MC-CN-00378 有效期至2021-12-31
仅供研究，不用于临床诊断。
相关产品
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KAPA RNA Hyper 文库构建 + RiboErase rRNA去除试剂盒 -
KAPA Stranded RNA-seq文库构建试剂盒+mRNA富集试剂盒 -
KAPA 文库扩增试剂盒
KAPA Library Amplification Kits -
KAPA 文库定量试剂盒
KAPA Library Quantification Kits
相关应用
- 基因表达分析
Gene expression analysis - 基因融合、异构体和其他结构变异体的检测
Detection of gene fusions, isoforms, and other structural variants - 新的文本识别，包括非编码转录本
Novel transcript identification, including noncoding transcripts - 全转录组（仅限于KAPA RNA Hyper 文库构建试剂盒）
Whole transcriptome (KAPA RNA Hyper Prep Kits only) - 靶向转录组（仅限于KAPA RNA Hyper 文库构建试剂盒）
Targeted transcriptome (KAPA RNA Hyper Prep Kits only)
文件下载
产品手册
Kapa RNA HyperPrep Kits_单页_中文.pdf
产品说明书
KAPA_RNAHyperPrepKit_TDS.pdf KAPA_RNAHyperPrepKitwithRiboErase_TDS.pdf KAPA_mRNA_HyperPrep_TDS.pdf KAPA_Dual-Indexed_Adapter_Kit_TDS.pdf
产品计算器
KAPA-Accessory-Calculator-v1.1-Final.xlsx
规格明细 / 储存条件
Enzymes and buffers for rRNA depletion, cDNA synthesis, and library preparation can be stored for up to 10 months at -20°C. mRNA capture reagents and KAPA Pure Beads can be stored for up to 10 months at 4°C. (US only)
Kits include reagents for RNA fragmentation, cDNA synthesis, and library preparation. Kits with reagents for mRNA capture are also available.
规格明细
| 规格 | 描述 |
|---|---|
| Compatible Platform | llumina HiSeq®, MiSeq®, NextSeq® |
| Library Type | DNA |
| Starting Material | genomic DNA, FFPE DNA, PCR amplicons |
| Input Amount | 1 ng–1 µg |
订货信息
KAPA RNA HyperPrep 试剂盒 (24反应)
- KK货号：KK8540
- 产品货号：08098093702
- 规格：24反应
- 价格：¥10,501
KAPA RNA HyperPrep 试剂盒 (96反应)
- KK货号：KK8541
- 产品货号：08098107702
- 规格：96反应
- 价格：¥33,769
KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒 (24反应)
- KK货号：KK8580
- 产品货号：08098115702
- 规格：24反应
- 价格：¥11,979
KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒 (96反应)
- KK货号：KK8581
- 产品货号：08098123702
- 规格：96反应
- 价格：¥37,399
KAPA RNA HyperPrep Kit with RiboErase (HMR 24反应)
- KK货号：KK8560
- 产品货号：08098131702
- 规格：24反应
- 价格：¥23,832
KAPA RNA HyperPrep Kit with RiboErase (HMR 96反应)
- KK货号：KK8561
- 产品货号：08098140702
- 规格：96反应
- 价格：¥77,318
neuronal marker (TAG-1)
neuronal marker (TAG-1)
原装正品1ml上清液
货号： 4D7/TAG1 品牌： DSHB 标签： 单克隆抗体
规格信息
| 品牌： |
DSHB |
|---|---|
| CAS： |
N/A |
| 规格： |
1ml |
| 货期： |
21-30个工作日 |
KAPA Stranded RNAseq 文库构建试剂盒 + RiboErase rRNA去除试剂盒
KAPA RNA-seq文库构建+RiboErase rRNA去除试剂盒
对去核糖体RNA(rRNA)处理后的总RNA样本进行测序，可以得到更综合的转录组信息。
文库制备前的高效核糖体RNA(rRNA) 去除可直接提升测序覆盖度，从而降低测序成本。与传统基于磁珠的捕获方法相比，带核糖体RNA去除的KAPA Stranded RNA-Seq试剂盒(针对人类/大鼠/小鼠) 核糖体RNA去除更加稳定、高效，增加了包括非编码RNA和前体RNA在内的目标转录本测序覆盖度。
产品特色
- 适用于包括FFPE在内的降解样本
- 可检测非编码及前体区域的转录本
- 性能优于KAPA Stranded RNA-Seq试剂盒
- 改进了富含GC及低丰度转录本的测序覆盖度
- 通过验证的自动化方案
- 使用KAPA 接头(Adapters)和KAPA 纯化磁珠(Pure Beads)构建
- 完整文库构建解决方案
提高低起始量样品文库构建质量
- 从有限的起始DNA中产生更多样的文库
- 使用更高的接头比例( 即adaper:insert 比例 )，可以提高文库构建效率
不同种类、起始量的样本，仍保证核糖体RNA去除的稳定性。
在不同起始量及样本质量条件下，KAPA Ribo Erase试剂盒比I系列产品和N系列产品表现更好。纵坐标代表剩余rRNA占整体比对上reads数的百分比。
A. 使用带有去核糖体RNA的KAPA StrandedRNA- Seq和I系列产品，起始量从25 ng-1000 ng的通用人类参考序列(UHR)RNA样本rRNA都可被去除。
B. 使用带有去核糖体的KAPA Stranded RNA- Seq和N系列产品同类核糖体RNA去除试剂盒，100 ng的UHR RNA样本(RIN<2.5)和FFPE样本rRNA都可被去除。
高效核糖体RNA(rRNA)去除的同时，仍可保证目标转录本的完整性。
与I系列产品基于磁珠法的流程相比，利用酶去除技术的KAPA RiboErase流程可更加高效的去除12S和16S rRNA(蓝色箭头区域)，并且增加了编码蛋白质的目标转录本区域覆盖度(红色箭头区域)。进行文库制备的样本类型为100 ng UHR。
提升复杂转录本的测序覆盖度
- 保证富含GC的转录本区域覆盖度的一致性
- 更好的检测低丰度转录本
提升富含GC部分的转录本区域的覆盖度。
文库制备使用去除核糖体KAPA Stranded RNA-Seq试剂盒(绿色)比I系列产品(橙色)及N系列产品(蓝色)在GC含量为62.8%的血红蛋白α转录本区域有着更高的均一性，并且改进了剪切位点的识别。
低丰度转录本的检测提升。
MALAT1为低表达、非编码转录本，使用100ng UHR RNA构建文库。 使用区核糖体RNA的KAPAStranded RNA-Seq试剂盒(绿色)相比I系列产品(橙色)和N系列产品(蓝色)，覆盖度更高。
卓越的测序数据质量
- 改进测序通量的同时降低测序重复率
- 整个转录组区域的覆盖度更均一
- 更多的检出基因和特定转录本
高质量测序数据的产出。
在同样比对率下，带有去核糖体RNA的KAPA Stranded RNA-Seq试剂盒有着更低的测序重复率、更高的测序覆盖度均一性和检测特异性转录本和基因一致率。这确保同一样本下KAPA试剂盒对基因表达检测灵敏度更高。
MC-CN-00376 有效期至2021-12-31
仅供研究，不用于临床诊断。
相关产品
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KAPA Stranded RNA-seq文库构建试剂盒+mRNA富集试剂盒 - KAPA RNA Hyper 文库构建 + RiboErase rRNA去除试剂盒
- KAPA 文库扩增试剂盒
- KAPA HyperPrep 文库构建试剂盒
- KAPA文库定量试剂盒
相关应用
- Whole Transcriptome
- Transcript Discovery and Annotation
- Gene Expression
- Total RNA-Seq
文件下载
产品手册
KAPA_RNAseq with RiboErase_TDS.pdf
规格明细 / 储存条件
Kits can be stored for up to 10 months at -20ºC.
Kits contain KAPA Hybridization Buffer, KAPA Hybridization Oligos (Human/Mouse/Rat), KAPA Depletion Buffer, KAPA RNase H, KAPA DNase Buffer, KAPA Dnase, KAPA Fragment, Prime and Elute Buffer (2X), KAPA 1st Strand Synthesis Buffer, KAPA Script, KAPA 2nd Strand Marking Buffer, KAPA 2nd Strand Synthesis Enzyme Mix, KAPA A-Tailing Buffer (10X), KAPA A-Tailing Enzyme, KAPA Ligation Buffer (5X), KAPA DNA Ligase, KAPA PEG/NaCl SPRI Solution, KAPA Library Amplification Primer Mix (10X) and KAPA HiFiHotStartReadyMix (2X).
规格明细
| 规格 | 描述 |
|---|---|
| Compatible Platform | Illumina HiSeq®, NextSeq® and MiSeq® |
| Library Type | RNA |
| Starting Material | High-quality Total RNA |
| Input Amount | 100 ng – 1 µg |
订货信息
KAPA RNA-Seq文库构建试剂盒+RiboErase核糖体RNA去除 （人/大鼠/小鼠） (24个反应)
- KK货号：KK8483
- 产品货号：07962282001
- 规格：24反应
KAPA RNA-seq文库构建试剂盒+RiboErase核糖体RNA去除（人/大鼠/小鼠） (96个反应)
- KK货号：KK8484
- 产品货号：07962304001
- 规格：96反应